文部科学省においては、文部科学省設置法及び国立大学法人法等に基づく職務権限の行使として、BSL-4施設を中核とした感染症研究拠点の形成について、長崎大学に対し監督、指導、助言等を行います。
 厚生労働省においては、厚生労働省設置法及び感染症法等に基づく職務権限の行使として、長崎大学に対し監督、指導、助言等を行います。