・現地医療機関から患者検体を入手して、感染症の特定及び病原体の検出
→ 感染症発生の実態解明
・病原体遺伝子の分子系統解析、疫学解析
→ 伝播経路や流行株の特性・系統の解明
・患者検体および野生動物検体からの新規病原体検出
→ 新興感染症の原因となり得る新規病原体の同定
・中南米特有の感染症（シャーガス病、南米出血熱など）に関する総合的研究
・創薬研究
→ 治療薬の開発
・患者検体・動物モデルでの病理解析
→ 病態発現機序の解明、病理診断法の開発
・現地での病原体分離
　→ ウイルスバンクの整備
・公募研究及び日本の研究者の拠点活用研究の支援
　→ 南米における感染症研究の活性化
　→ 研究人材の育成